A História da CPT/MS se confunde com a história de luta dos povos do campo no Estado de Mato Grosso do Sul. Foi no seio dos conflitos agrários, tanto em âmbito nacional como estadual que a CPT/MS é fundada no ano de 1978, em plena Ditadura Militar, que perseguiu, torturou e prendeu centenas de lideranças de camponeses que lutavam pela posse da terra.
Aqui no Estado, neste período, ocorria um violento processo de expulsão dos camponeses arrendatários e posseiros, de modo particular, no sul do Estado. Como as organizações camponesas estavam fragilizadas devido à perseguição desencadeada pelo regime militar, a CPT foi a pioneira no processo de organização da classe camponesa na luta pela terra no MS. Neste sentido, sua atuação principal, deste período, foi a organização dos sem terra na luta pela conquista da terra, assessorando e apoiando na fundação e retomada dos Sindicatos de Trabalhadores Rurais e na organização do próprio Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra.
A década de 1980 pode ser considerada como o período mais fértil para o surgimento de organizações de apoio à luta dos camponeses e camponeses no Mato Grosso do Sul. Foi o trabalho dos/das agentes da CPT que articulou e organizou os agricultores/as, arrendatários/as e, apoiou o retorno dos “Brasiguaios”, brasileiros/as que migraram para o Paraguai e que naquele momento estavam retornando ao Brasil. Em abril de 1984, organizou-se a primeira grande ocupação dos trabalhadores sem-terra, na “Gleba Santa Idalina”, no então Município de Ivinhema, hoje Município de Novo Horizonte do Sul.
Outra contribuição importante da CPTMS foi sua participação ativa no combate ao trabalho escravo e ao trabalho infantil nas carvoarias do Estado, integrando a Comissão Permanente de Investigação do Trabalho Escravo no MS. Esta Comissão esteve articulada desde 1993 junto com outras organizações sociais e sindicatos e com o apoio do Ministério Público Federal do Trabalho e do Estado de Mato Grosso do Sul, na época, governado pelo Partido dos Trabalhadores (PT), e com o apoio financeiro da OIT.
A partir dos anos de 1990, as ações da Comissão Pastoral da Terra/MS, voltam-se com maior ênfase na busca de um equilíbrio entre a conquista e a permanência na terra, na luta por infraestrutura, educação, saúde, créditos para garantir a produção e a permanência dos assentados nas suas parcelas, para provar que a reforma agrária é viável e importante para a produção de alimentos que compõem a cesta básica dos brasileiros. Também se inserem nas atuais frentes de luta da CPT, como a organização das mulheres camponesas (especialmente nas parcerias com o MMC), as demandas da juventude camponesa (em especial a educação do campo), o fortalecimento da agroecologia (apoiando a organização da APOMS, a implantação de Sistema Agroflorestal – SAF), recuperação de nascentes, o combate ao agrotóxico, o enfrentamento dos impactos do avanço da mineradoras, entre outras ações.
A presença da CPT junto aos camponeses se dá, de modo muito peculiar pelo seu jeito de atuar, sua metodologia de fazer o trabalho pastoral. É esta prática que teve e tem um conteúdo religioso forte, que sempre inquietou e mesmo provocou tensionamentos com os demais movimentos e organizações do campo, porque ao mesmo tempo em que sua ação estava fundamentada na fé, a partir das reflexões bíblicas, também atuava na discussão política e de organização da luta dos sem-terras. Fez o que entendemos de “ligação da fé com a vida”. Isto deu e dá muita credibilidade para a ação da CPT junto aos trabalhadores do campo, de tal forma que muitas vezes eles a indicavam e ainda indicam para representá-los nas negociações com os órgãos públicos ao invés dos seus representantes legais.