O uso de agrotóxicos nas grandes lavouras de monocultivos, têm atingido inúmeras comunidades camponesas e indígenas próximas destes locais. A contaminação dos mananciais de água é outro fator cada vez mais grave, além de inúmeros outros impactos causados por estas atividades. As ações da CPTMS têm por objetivo identificar as comunidades atingidas, diagnosticar a situação e a partir daí dar os encaminhamentos necessários, que podem resultar no encaminhamento de denúncias aos órgãos competentes, entre outras iniciativas.